در دوران ریاست حمید بقایی بر سازمان میراث فرهنگی و در جابه‌جایی مرکز اسناد و کتابخانه به شیراز طبق گفته رییس پژوهشگاه وقت، ۱۷ هزار اسلاید، تعداد کمی از پرونده‌های ثبتی و همچنین حدود ۲۰۰ جلد کتاب‌ نفیس مفقود شد. بعدها کارشناسان رقم مفقود شدن کتب را تا ۳۵۰ جلد هم تخمین زدند این درحالی است که گفته می‌شود مرکز اسناد و کتابخانه وزارتخانه بیش از ۶۰ هزار جلد کتاب و مجله دارد که برخی این رقم را تا ۸۰ هزار جلد هم عنوان می‌کنند.