آیت الله سبحانی از مراجع تقلید در نامه ای به محمدباقر قالیباف رئیس مجلس شورای اسلامی نوشت: تعطیلی شنبه بر خلاف قانون اساسی است که می‌گوید تعطیلی هفته روز جمعه است و این عبارت مفید حصر است. چنانکه دو اصلی که که در کنار آن آمده است نیز مفید حصر است: «زبان فارسی» که زبان رسمی کشور است (اصل ۱۵) . آیا می‌توان عبری را هم به رسمیت شناخت؟! پرچم کشور اسلامی از سه رنگ تشکیل شده(اصل ۱۸) آیا می‌توان رنگ چهارمی به آن افزود.

نامه انتقادی آیت الله سبحانی به شورای نگهبان تکذیب شد.

آیت الله سبحانی با تاکید بر خطرناک بودن طرح غربالگری جمعیت، افزودند: اسم این طرح خوب است، اما ذات آن تهدیدکننده است و جمعیت سالم را نیز از بین می برد.