چند روز پیش سیدحسن خمینی، سرپرست مؤسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی(ره) دیداری با اعضا و مسئولان شورای هماهنگی هیئت‌های مذهبی مهاجران افغانستانی از تبلیغاتی که علیه مهاجران به راه افتاده انتقاد کرد.

انتقاد مسیح مهاجری نسبت به مواضع اخیر یادگار امام درباره مهاجران افغان، واکنش‌های متفاوتی به همراه داشت.

«به ‌رغم ممانعت‌هایی که بعضا می‌شود، درب حرم امام همیشه به روی دوستان افغانستانی باز بوده و از این به بعد هم حتما همین طور خواهد بود... حجم تبلیغات بی‌دلیلی علیه مهاجران افغانستانی شکل گرفته است.»

حجت الاسلام و المسلمین مسیح مهاجری مدیرمسئول روزنامه جمهوری اسلامی در سرمقاله جدیدترین شماره این روزنامه نوشت:بار‌ها شنیدم که فرق می‌کند چه کسی رئیس جمهور باشد. این جمله وقتی درست است که در کشور فرهنگی نهادینه شده باشد که «اصحاب تزویر» قدرت دگرگون کردن واقعیت‌ها و ایجاد مانع بر سر راه اقدامات حق‌مدارانه را نداشته باشند.

حجت الاسلام والمسلمین مسیح مهاجری خطاب به حجت الاسلام والمسلمین حسن روحانی نوشت: «وقتی انتخابات ریاست جمهوری ۱۴۰۰ برگزار می‌شد و بسیاری از افراد سرشناس، با سابقه و صالح توسط شورای نگهبان ردصلاحیت شدند تا فرد مورد نظر رئیس جمهور شود، چرا شما احساس نکردید جمهوریت و اسلامیت نظام به خطر افتاده است؟»

مردم می‌گویند شما که به نام دین بر این کشور حکومت می‌کنید اگر بی‌عدالتی، تبعیض، مماشات با مفسدان، نادیده گرفتن اهانت به پیامبر و امیرالمؤمنین در موارد خاص، تکریم کسانی که تخلفشان در جابجائی اموال و زمین و باغ کاملاً محرز و دروغ بستنشان به امام زمان کاملاً مستند است، خواست دین است ما را با چنین دینی نسبتی نیست.

مسیح مهاجری در روزنامه جمهوری اسلامی نوشت:در تمام ۴۴ سال گذشته، هیچ دولتی به اندازه دولت کنونی از هماهنگی و یکدستی کامل و صد درصد برخوردار نبود.

حجت الاسلام و المسلمین مسیح مهاجری مدیرمسئول روزنامه جمهوری اسلامی نوشت: فکر نکنید صبر مردم بی‌پایان است. از روزی بترسید که لشکر گرسنگان علیه شما قیام کنند. اگر به رسالت دینی و قانونی خود که خدمت به محرومین و اجرای عدالت است عمل نمی‌کنید، لااقل برای بقاء خودتان و حکمرانی‌تان فکری بکنید.

روزنامه جمهوری اسلامی در سرمقاله خود به قلم مسیح مهاجری از بودجه های دولتی برای حوزه های علمیه انتقاد کرده و پیشنهاداتی را مطرح کرد.

مسیح مهاجری در روزنامه جمهوری اسلامی نوشت: بعد از پیروزی انقلاب اسلامی در ایران، نمازجمعه رونق خاصی گرفت و بزرگانی به فرمان امام خمینی عهده‌دار امامت جمعه در تهران و شهرستان‌ها شدند که واقعاً توانستند در کوران حوادث سخت و طوفانی سال‌های اول و جنگ تحمیلی نقش مهمی در وحدت‌بخشی، آگاه‌سازی و مقابله با توطئه‌ها ایفا کنند.